The Health and Demographic Surveillance System (HDSS) in Niakhar, a rural area of Senegal, is located 135 km east of Dakar. This HDSS has been set up in 1962 by the Institut de Recherche pour le Développement (IRD) to face the shortcomings of the civil registration system and provide demographic indicators. Some 65 villages were followed annually in the Niakhar area from 1962 to 1969. The study zone was reduced to eight villages from 1969 to 1983, and from then on the HDSS was extended to include 22 other villages, covering a total of 30 villages for a population estimated at 45,000 in December 2013. Thus 8 villages have been under demographic surveillance for almost 50 years and 30 villages for 30years. Vital events, migrations, marital changes, pregnancies, immunization are routinely recorded (every four months). The database also includes epidemiological, economic and environmental information coming from specific surveys. Data were collected through annual rounds from 1962 to 1987; rounds became weekly from 1987 to 1997; routine visits were conducted every three months between 1997and 2007 and every four months since then. The current objectives are 1) to obtain a long-term assessment of demographic and socio-economic indicators necessary for bio-medical and social sciences research, 2) to keep up epidemiological and environmental monitoring, 3) to provide a research platform for clinical and interdisciplinary research (medical, social and environmental sciences). Research projects during the last 5 years are listed in Table 2. The Niakhar HDSS has institutional affiliation with the Institut de Recherche pour le Développement (IRD, formerly ORSTOM). * Niakhar HDSS INDEPTH Core Dataset 1984-2016 (Release 2018). Provided by the INDEPTH Network Data Repository. http://indepth-ishare.org/index.php/catalog/132 * DOI : 10.7796/INDEPTH.SN013.CMD2016.v1 * https://doi.org/10.7796/INDEPTH.SN013.CMD2016.v1

Le projet interdisciplinaire UECOCOT vise à développer des outils d'aide à la gestion durable des activités minières afin de permettre la meilleure cohabitation possible entre dynamique naturelle des environnements (et leur capacité de résistance aux dommages et de résilience) et les activités humaines (industrielles ou non). L'objectif global du projet est de répondre à la question " comment adapter , à un coût socio-économique acceptable, les activités minières pour que leur impact reste compatible avec la durabilité des écosystèmes côtiers et littoraux". Pour atteindre un tel objectif, le projet UECOCOT repose sur une approche multi-sites ayant des impacts miniers différents. Dans le Pacifique sud, le site choisi est le lagon de Koné (Nouvelle-Calédonie) à proximité duquel s'est implanté une mine de nickel et touché par des apports de particules riches en éléments métalliques (Ni, Cr, Co, Mn) issues de l'altération des massifs miniers latéritiques développés sur des péridotites. C'est dans ce cadre qu'a eu lieu en février 2018 une campagnes océanographique multidisciplinaire dans le lagon de Koné dont l'objectif était d'acquérir des informations sur : i) les flux hydrodynamiques et biogéochimiques entre la côte, le lagon et l'océan et les connectivités au sein même du lagon, ii) l'état écologique du lagon et son fonctionnement End to End (hydro-bio-géochimique) , iii) les apports miniers directs ou indirects (avec un focus sur les métaux) et leur impact sur le fonctionnement biogéochimique. L'ensemble des résultats acquis doit permettre de valider un modèle numérique de biologie intégrant les aspects physiologiques et comportementaux des organismes (plancton et benthos) liés à la contamination du milieu et à la circulation hydrodynamique au sein du lagon. Il doit en particulier aboutir à une meilleure compréhension du rôle de la barrière récifale sur la régulation hydrodynamique et ainsi permettre d'affiner les prévisions en terme de contamination du lagon suite à une modification de la structure récifale sous l'effet conjugué de contraintes anthropiques et climatiques. Ce projet s'inscrit dans le réseau international AMEDEE (Activité Minière, Environnement, Développement Economique, Ethiques) qui regroupe les programmes de R&D de 40 institutions scientifiques (Colin, 2016)

Communities of Rhopalocera (Lepidoptera) butterflies in 24 urban parks in Marseille Sampling of Rhopalocera communities: 7 to 12 transects in each of 24 urban parks in Marseille every 2 years since 2008. Increasing numbers of cities are currently developing sustainable policies aimed at promoting urban biodiversity and ecological dynamics through the planning of green networks and the implementation of more sustainable management practices. These human activities can strongly influence environmental factors on which the organization of ecological communities at different scales depends. Thus, it is of fundamental importance to understand the relative impact of local management, green space design and landscape features on the distribution and the abundance of species in urban areas. On the basis of 2 years of butterfly surveys in urban public parks within an extensive Mediterranean metropolitan area, Marseille (South-East France), the aim of this paper is to provide a better understanding of the effect of these three environmental scales (plot, park, landscape) on the composition and organization of species assemblages. Using variation partitioning and nestedness analysis on ecological data aggregated at plot-level and park-level respectively, we demonstrate the preponderant effect of landscape scale features on urban butterfly assemblages. Our results also highlight an important co-variation of plot management, park layout and urban landscape features, in their interaction with the community structure of urban butterflies. Although there is no significant species-area relationship, significantly nested patterns arise in species composition. Selective colonization appears as a driving force constraining the constitution of species assemblages within the city. However, a prospective study on adjacent more natural areas suggests that biotic limitations, interspecific competition and habitat filtering may play an important role if a larger portion of the urbanization gradient is explored, which remains to be investigated.

L'Observatoire européen multidisciplinaire des fonds marins et des colonnes d'eau baptisé (EMSO) (European Multidisciplinary Seafloor and water column Observatory) est une infrastructure de recherche répartie à l'échelle européenne des observatoires des fonds marins et des colonnes d'eau. Il vise à explorer davantage les océans, à mieux comprendre les phénomènes qui se produisent au fond de la mer, et à élucider le rôle critique que ces phénomènes jouent dans les systèmes terrestres globaux. Cet observatoire repose sur des sites (ou nœuds) d’observation qui ont été déployés dans des endroits stratégiques des mers européennes, de l'Arctique à l'Atlantique, de la Méditerranée à la mer Noire. Il y a actuellement onze nœuds en eau profonde plus quatre nœuds d'essai en eau peu profonde. EMSO Ligure Ouest est l’un de ces observatoires sous-marin permanent situé en mer Ligurienne et est déployé au large de Toulon, en France. Cette région été choisi pour ses intérêts scientifiques particulières tels que : sismicité, topographie, turbidité, biodiversité, dynamique des masses d'eau et flux de matières organiques. Ce réseau d’observation sous-marine fait aussi partie de KM3NeT (https://www.km3net.org/) qui a une topologie modulaire conçue pour connecter jusqu'à 120 unités de détection de neutrinos. L'instrumentation Earth and Sea Science (ESS) connectée à KM3NeT repose sur deux composants complémentaires: un module d'interface instrumenté (MII) et une ligne instrumentée autonome (ALBATROSS). La ligne ALBATROSS est une ligne inductive (2000 m) composée d'un système de communication acoustique, de deux câbles inductifs équipés de capteurs CTD-O2, de courantomètres et de deux bouées instrumentées. Cette ligne est déployée à une distance de 2-3 kilomètres du MII, et la communication à terre est faite par un lien acoustique avec le MII, et câble électro-optique via le nœud KM3NeT. Data 2016 - DOI: https://doi.org/10.17882/47129 Data Albatross inductive line from 2019 to 2020-11 - DOI: https://doi.org/10.17882/74513 Data Albatross inductive line from 2021 - DOI: https://doi.org/10.17882/83244

Une infrastructure de recherche européenne de mesure des concentrations atmosphériques des gaz à effet de serre et des flux de carbone sur les écosystèmes et l’océan. La tour ICOS (pour Integrated Carbon Observation System) installée à l'Observatoire de Haute Provence (OHP), haute de 100 m est une antenne régionale du dispositif permettant d’étudier la place de la forêt méditerranéenne dans le bilan de carbone. Elle est équipée d’instruments à trois niveaux (10, 50, 100 m). Le réseau est doté de 3 types de stations réparties sur le territoire : continentales, côtières et de montagne. Chacune de ces stations mesure les paramètres suivants : * température, direction et vitesse du vent, pression atmosphérique, humidité * CO2, CH4, CO, H2O * hauteur de couche limite atmosphérique (lidar) Les objectifs scientifiques de ce programme européen sont de : * tracer les flux de carbone en Europe et dans les régions adjacentes par observation des écosystèmes, de l'atmosphère et des océans à travers des réseaux intégrés, * fournir les observations à long terme nécessaires pour comprendre l'état présent et prévoir le comportement du carbone global et des émissions des gaz à effet de serre, * surveiller et évaluer l'efficacité de la séquestration du carbone et/ou de la réduction des émissions de gaz à effet de serre sur la composition globale de l'atmosphère, en prenant en compte les sources et les puits par région géographique et par secteur d'activité. L'infrastructure ICOS permet d'accueillir des chercheurs pour des campagnes de recherches

L’île de Bagaud, réserve intégrale du Parc National de Port Cros (PNPC), fait actuellement l‘objet d’un programme décennal de restauration écologique en vue de la préservation de son patrimoine naturel. Cette restauration consiste à contrôler deux espèces exotiques envahissantes : le rat noir (Rattus rattus) et la griffe de sorcière (Carpobrotus sp.). Débuté en 2010, ce programme permet l’étude de plusieurs groupes taxonomiques avant (2010-2011) et après contrôle (2013-2019) : (1) la flore, (2) les arthropodes épigés et les insectes volants, (3) les squamates, (4) les oiseaux terrestres nicheurs et (5) les oiseaux marins nicheurs. Ce projet fédère une large communauté d’acteurs académiques et non-académiques autour d’un objectif commun : contrôler et si possible éradiquer les espèces invasives de la réserve intégrale et suivre la résilience des groupes taxonomiques cités ci-dessus. Partenaires pour le suivi et l’analyse des données : IMBE, PNPC, CBNMed, association Reptil’Var, association DREAM et LPO. Autres partenaires : PIM, INRA, Conservatoire du Littoral, Domaine du Rayol, Naturoscope, UE, Natura2000, TLV, Région Sud, Naturalia Consultants en Environnement.

Suivi longitudinal sur 9 sites de terrain au Sénégal de l’observatoire ObsMiCE Paramètres mesurés: - détermination spécifique ; - indices d’abondance ; - données morphométriques, - estimation de l’âge, - paramètres de reproduction indicateurs de la dynamique des populations animales ; - prélèvements de tissus, d’ectoparasites et d’endoparasites ; - données environnementales ; - prévalence de parasites et pathogènes

OBJECTIF – Mesures des flux de matières d’origine atmosphérique en mer Méditerranée dans le cadre du réseau MOOSE Mesures en réseau avec cap Béar et cap ferrat Le milieu marin est de plus en plus soumis à l’influence anthropique, très directement sur la frange littorale, mais également au large par les retombées atmosphériques qui peuvent se propager très loin. La Méditerranée étant une mer oligotrophe, c’est-à-dire pauvre en élément nutritifs, tout apport d’éléments peut être un facteur de développement biologique significatif. Par contre l’apport de contaminants et de polluants par voie atmosphérique peut être un facteur perturbant ou inhibant l’écosystème. Le site du Frioul offrant l’opportunité de quantité les retombées atmosphériques dans la zone côtière, le Service d’Observation du MIO a proposé d’utiliser ce site pour installer des collecteurs de retombées atmosphériques. Collecteur de retombées atmosphériques sèches et pluies (MTX Italia) installé sur une plateforme dans l’enceinte du sémaphore de Pomègues Un collecteur de type MTX permet de récupérer les retombées sèches et les retombées humides (pluies) séparément. Parallèlement, un système de pompage en continu des aérosols a été mise en place dans la pièce supérieure du sémaphore. Il est composé de pompes à vide reliées à un compteur qui aspire en continu l’air qui est filtré sur un filtre disposé à l’extérieur. La collecte des échantillons est assurée chaque semaine par un opérateur du MIO. Par ailleurs le MIO assure le traitement et l’analyse de la matière récoltée. Les éléments suivants, source de fertilisation du milieu marin sont déterminés : - Azote total - Phosphore total - Carbone total - Formes solubles de l’azote (nitrate, nitrite, ammonium) - Formes solubles du phosphore (orthophosphates) - Formes particulaires de l’azote, du phosphore et du carbone. SITE : Iles de Pomègues - Sémaphore du Frioul PROGRAMME DE RATTACHEMENT - Mediterranean Oceanic Observing System on Environment : MOOSE - Labellisation : SOERE - INSU - Financement : SOERE – INSU – Ville de Marseille RESPONSABLE LOCAL: - Patrick Raimbault DISPONIBLITE DES DONNEES : - Base de données SEDOO: http://mistrals.sedoo.fr/MOOSE/ PARTICIPANTS : - M. Fornier : collecte - V. Lagadec analyses chimiques - P. Raimbault : analyses élémentaires PARTENAIRES - MOOSE - CHARMEX- Ville de Marseille – Parc des îles du Frioul - OSU de Villefranche et de Banyuls

Labellisation CNRS/INSU : CNAP-AA-ANO5 OSU Pythéas : responsable du service Contact : O. Ilbert olivier.ilbert@lam.fr, Laboratoire d'Astrophysique de Marseille (LAM) Le service GAlaxy photometric redshifts (Z) and physical PARameters (GAZPAR) propose de produire les redshifts photométriques et les paramètres physiques de galaxies à partir de catalogues photométriques multi-longueurs d’onde fournis par l’utilisateur. Ce service repose actuellement sur plusieurs logiciels publics, "Cigale", "Le Phare" et "Beagle". "Hyperz" est en cours d’intégration au service. Ces codes utilisent des techniques d’ajustement de Distribution d’Energie Spectrale (SED) exploitant les données disponibles de l’ultraviolet à l’infrarouge lointain et en modélisant la SED des différents composants d’une galaxie (étoiles, gaz, noyau actif, poussières). Pour chaque objet d’un catalogue le service propose la détermination du redshift photométrique, une classification par type étoile/galaxie/QSO ainsi que les principales caractéristiques physiques des galaxies (masse stellaire, taux de formation d’étoiles, atténuation, luminosité infrarouge, etc...) Les distributions de probabilité associées sont également fournies, ainsi que les fichiers de configuration utilisés et les résultats de nombreux tests de qualité. Une interface web permet aux utilisateurs de déposer leurs catalogues via le centre de données du Laboratoire d'Astrophysique de Marseille (CeSAM), et un soutien personnalisé est offert aux utilisateurs qui souhaitent faire leurs propres mesures. Le service prévoit de se développer en ajoutant la possibilité d’inclure et de traiter des informations spectroscopiques.

Labellisation CNRS/INSU : CNAP-AA-ANO5 OSU Pythéas : responsable du service Contact : C. Adami, Laboratoire d'Astrophysique de Marseille (christophe.adami@lam.fr) Archive of Spectrophotometry Publicly available In Cesam (ASPIC) utilise l’expertise technique reconnue du laboratoire d'Astrophysique de Marseille (LAM) et de son centre de données (CeSAM) de mise à disposition d’outils et de valeur ajoutée sur données à la communauté scientifique pour les programmes massifs de spectroscopie/photométrie sur des zones du ciel stratégiques (e.g. GAMA, zCOSMOS, VIPERS, ..etc...). Cette approche « Sky Sweet Spots » devient en effet courante pour les grands sondages actuels et futurs qui se concentrent sur de telles zones stratégiques de façon à optimiser le retour scientifique. Dans ce cadre, le LAM est leader ou participe à de nombreux sondages profonds majeurs comme le VVDS, zCOSMOS, VIPERS, VUDS, EUCLID, ou encore PFS. Cela démontre le niveau d’expertise et de reconnaissance internationale du LAM dans ces domaines. Dans chacun de ces sondages, le CeSAM a un rôle majeur : en charge de la mesure des redshifts (y compris à travers la réalisation de l’outil de mesure AMAZED), du pipeline de validation, et de la production des spectres 1D. La partie la plus visible de la valeur ajoutée tient dans les paramètres physiques qui peuvent être déduits des données disponibles au moyen des outils du service GAZPAR (e.g. redshifts, masses stellaire, taux de formation d’étoiles : voir ci-dessus), ou extérieurs et publics (comme slinefit, C. Schreiber et al.). Elles sont déduites de l’analyse des distributions d’énergie spectrale sur la base de la photométrie multi-bande ou de la spectroscopie. Toutefois, l’ordre zéro avant d’atteindre ces paramètres avancés est : - L’association des catalogues de spectres sur les images disponibles - L’association de ces images à diverses longueurs d’onde entre elles (relativement aisée si la résolution spatiale est homogène, beaucoup plus ardue pour l’association de données optiques avec des données UV ou IR où la résolution spatiale relative peut atteindre un facteur 10) Ces deux points sont également fournis en sortie du service ASPIC à travers la photométrie standardisée au format des outils GAZPAR et peut permettre à tout utilisateur ASPIC d’y appliquer ses outils personnels.