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    L’île de Bagaud, réserve intégrale du Parc National de Port Cros (PNPC), fait actuellement l‘objet d’un programme décennal de restauration écologique en vue de la préservation de son patrimoine naturel. Cette restauration consiste à contrôler deux espèces exotiques envahissantes : le rat noir (Rattus rattus) et la griffe de sorcière (Carpobrotus sp.). Débuté en 2010, ce programme permet l’étude de plusieurs groupes taxonomiques avant (2010-2011) et après contrôle (2013-2019) : (1) la flore, (2) les arthropodes épigés et les insectes volants, (3) les squamates, (4) les oiseaux terrestres nicheurs et (5) les oiseaux marins nicheurs. Ce projet fédère une large communauté d’acteurs académiques et non-académiques autour d’un objectif commun : contrôler et si possible éradiquer les espèces invasives de la réserve intégrale et suivre la résilience des groupes taxonomiques cités ci-dessus. Partenaires pour le suivi et l’analyse des données : IMBE, PNPC, CBNMed, association Reptil’Var, association DREAM et LPO. Autres partenaires : PIM, INRA, Conservatoire du Littoral, Domaine du Rayol, Naturoscope, UE, Natura2000, TLV, Région Sud, Naturalia Consultants en Environnement.

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    Données de l'analyse des peuplements phytoplanctoniques de la baie de Marseille. Dans le cadre du programme " Séries à long terme " du Service d'Observation du Centre d'Océanologie de Marseille, à partir de 1994, deux points de prélèvement. - Le premier (SOFCOM) correspond au point d'appui SOMLIT (Service d'Observation en Milieu Littoral de l'INSU), situé au large des îles du Frioul. Les prélèvements sont bimensuels, effectués en surface et dans la zone de fluorescence maximale, repérée au cours de la descente d'une bathysonde munie d'un capteur de fluorescence. Les données sont disponibles jusqu'en décembre 2004. - Le deuxième (CAPCOM) correspond aux prélèvements d'eau de surface réalisés dans l'Anse des Cuivres, au pied de la Station marine d'Endoume, entre mars 1994 et décembre 2000. Ces échantillons sont pris comme référence de la frange littorale extrême. La fréquence de prélèvements de cette série a varié de 1/3 jours à 1/8. Pour les deux séries des paramètres physico-chimiques et hydrologiques sont disponibles sur le site du Service d'Observation Informations Taxonomiques Une fiche avec des Renseignements taxonomiques est disponible pour les espèces observées en Méditerranée au cours des analyses. Elle comprend : - le nom complet, l'autorité, les synonymes connus, - dans certains cas, un dessin ou une photo. - le volume moyen calculé à partir de mesures réalisées sur les données récentes. - les caractéristiques écologiques. Des liens permettent de retrouver la liste des prélèvements dans lequels une espèce a été observée, ainsi que la bibliographie qui la concerne

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    The New Caledonia lagoons show high seasonal and interannual variability (related to El Niño – Southern oscillation – ENSO - variability). They present a great diversity of local situations linked to differences in their geomorphology, to the nature of terrigenous inputs and to varied anthropogenic pressure. This variability impacts the structure of planktonic communities and their biodiversity. The scientific objectives of the CLAPPP project developed on 6 New Caledonia lagoons are : - 1) to describe the local environmental conditions and their seasonality, - 2) to understand the heterogeneity of phytoplankton communities at the biological, spatial and/or temporal levels, - 3) to study the role of this diversity in the functioning of coral ecosystems and the regulation of biogeochemical cycles, and - 4) to assess the importance of phytoplankton as an index of productivity and health of the lagoons in relation with local stress conditions and the risk of HABs. DOI: - https://doi.org/10.34930/2b52defe-e5f3-4fe2-9f2f-741d90e624ea Citation: Rodier, M., & Arfi, R. (2020). CLAPPP - New Caledonian lagoons: Physics and Phytoplankton processes [Data set]. MIO UMR 7294 CNRS. https://doi.org/10.34930/2B52DEFE-E5F3-4FE2-9F2F-741D90E624EA

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    EMSO is a European network of seabed and fixed-point water column observatories whose scientific objective is to acquire long time series in the seas around Europe for the study of environmental processes related to interactions between geosphere, biosphere and hydrosphere. MAREGAMI project (MARine Earthquake Gap Assessment and Monitoring for Istanbul) is a bilateral Turkish-French collaborative project coordinated by IFREMER and Istanbul Technical University and funded by ANR and TÜBITAK. The goal of MAREGAMI is the development of new methods and monitoring strategies to assess earthquake and tsunami risks related to offshore faults, it comprises four tasks: (1) Marine geodesy: acquisition and processing of geodetic submarine data, (2) Hydrodynamics and specific depositional processes: water column data acquisition and hydrodynamic modeling, (3) Improving earthquake relocation with ocean bottom instruments, (4) Designing an optimal and sustainable network of submarine sensors. Data distributed on this portal were acquired for Task 2. The acquisition and distribution of marine data time series in the Sea of Marmara is funded by EMSO-France Research Infrastructure, EMSO-Link, and MAREGAMI projet. DT-INSU provided operational support and instrumentation

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    Suivi à long terme et haute fréquence des eaux littorales – prise en compte des événements extrêmes - SITE : Baie de Marseille 05° 17' 30 E - 43° 14' 30 N (3 milles de la côte) PROGRAMME DE RATTACHEMENT - SNO Coast-HF - Infrastructure de Recherche ILICO - Financement : INSU - MIO UMR 7294 CNRS - RESPONSABLE LOCAL: Patrick RAIMBAULT - MIO - - RESPONSABLE NATIONAL : Guillaume Charria- François Schmitt - DATE DE DEMARRAGE : 2012 - EQUIPEMENTS : * Bouée de surface équipée de capteurs Météo * Sonde multiparamétrique SMATCH (NKE) en surface * Profileur multiparamétrique Provor sur la colonne d’eau 5 m- 55 m - PARAMETRES MESURES : *Surface: Température, salinité , turbidité, fluorescence, oxygène à fréquence horaire * Profil journalier 0- 55m: Température, salinité , turbidité, fluorescence, ; résolution 1 m - DISPONIBLITE DES DONNEES : - base de données spécifique MIO - plate forme de diffusion http://erddap.osupytheas.fr/erddap PERSONNELS DEDIES : - F. Garcia (Ing. Univ) : installation et maintenance équipements – base de données - M. Lafont (Tech univ) : sorties en mer - D. Guillemain (Ing Univ) : plongée - V. Lagadec (Ing Univ) : analyses chimiques - N. Garcia (Ing CNRS) : analyses chimiques - PARTENAIRES * SNO SOMLIT - Phytobs – * Suivi DCE – Agence de l’Eau - programme en élaboration SNOCO

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    Le projet Orchamp s’inscrit dans le dispositif Sentinelles des Alpes, de la Zone Atelier Alpes. L’objectif est de saisir dans le temps et dans l’espace les dynamiques couplées entre le climat, l’utilisation des terres, la biodiversité de plusieurs groupes taxonomiques et le fonctionnement des écosystèmes de montagne, à l’échelle des Alpes françaises. Ce projet fédère une large communauté d’acteurs académiques et non-académiques autour d’un objectif commun : observer et prédire l’évolution de la biodiversité dans tout l’arc alpin en réponse aux forçages du climat et du changement d’usage des terres. ORCHAMP constitue un dispositif d’observation à échelles spatiales emboitées. Des protocoles simples et standardisés sont répétés sur des placettes permanentes et sur le temps long (> 20 ans). Ils permettent un suivi tous les 5 ans des écosystèmes : relevés botaniques et forestiers, analyses physico-chimiques et structure du sol, analyses de l’ADN environnemental du sol, télédétection, données météorologiques, pression anthropique et du pâturage. Cet observatoire pluridisciplinaire, privilégie une approche systémique de l’étude des territoires alpins, en entrecroisant les regards sur les trajectoires socio-économiques, les forçages macro et micro climatiques, les perturbations naturelles et les dynamiques des biodiversités. Enfin, à l’ère des données ouvertes (open data), l’ensemble des données récoltées et validées, sera structuré et diffusé afin de garantir sa réutilisation par tous, sans restriction aucune.

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    L'Observatoire européen multidisciplinaire des fonds marins et des colonnes d'eau baptisé (EMSO) (European Multidisciplinary Seafloor and water column Observatory) est une infrastructure de recherche répartie à l'échelle européenne des observatoires des fonds marins et des colonnes d'eau. Il vise à explorer davantage les océans, à mieux comprendre les phénomènes qui se produisent au fond de la mer, et à élucider le rôle critique que ces phénomènes jouent dans les systèmes terrestres globaux. Cet observatoire repose sur des sites (ou nœuds) d’observation qui ont été déployés dans des endroits stratégiques des mers européennes, de l'Arctique à l'Atlantique, de la Méditerranée à la mer Noire. Il y a actuellement onze nœuds en eau profonde plus quatre nœuds d'essai en eau peu profonde. EMSO Ligure Ouest est l’un de ces observatoires sous-marin permanent situé en mer Ligurienne et est déployé au large de Toulon, en France. Cette région été choisi pour ses intérêts scientifiques particulières tels que : sismicité, topographie, turbidité, biodiversité, dynamique des masses d'eau et flux de matières organiques. Ce réseau d’observation sous-marine fait aussi partie de KM3NeT (https://www.km3net.org/) qui a une topologie modulaire conçue pour connecter jusqu'à 120 unités de détection de neutrinos. L'instrumentation Earth and Sea Science (ESS) connectée à KM3NeT repose sur deux composants complémentaires: un module d'interface instrumenté (MII) et une ligne instrumentée autonome (ALBATROSS). La ligne ALBATROSS est une ligne inductive (2000 m) composée d'un système de communication acoustique, de deux câbles inductifs équipés de capteurs CTD-O2, de courantomètres et de deux bouées instrumentées. Cette ligne est déployée à une distance de 2-3 kilomètres du MII, et la communication à terre est faite par un lien acoustique avec le MII, et câble électro-optique via le nœud KM3NeT. Data 2016 - DOI: https://doi.org/10.17882/47129 Data Albatross inductive line from 2019 to 2020-11 - DOI: https://doi.org/10.17882/74513 Data Albatross inductive line from 2021 - DOI: https://doi.org/10.17882/83244

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    Le suivi des apports du Rhône Face aux intérêts récents portant sur la quantification des apports à la mer par les différents fleuves méditerranéens et pour répondre aux exigences européennes de la Directive Cadre sur l’Eau, un suivi à haute fréquence des apports rhodaniens a été mis en place en collaboration avec l’IRSN et en partenariat avec l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée et Corse (AERMC). Le point d’appui de cette opération est la station de prélèvement automatique d’Arles. Cette station comporte un système de pompage installé sur le quai et un local où sont installés les préleveurs automatiques Depuis mars 2005, la quantification de la charge particulaire et des concentrations des principaux éléments biogènes est assurée au rythme d’un échantillon par jour en routine et 6 par jour en période de crue. Grâce aux facilités offertes par cette station automatique, des prélèvements supplémentaires peuvent être assurés par le service d’observation du MIO (contacts : Patrick Raimbault - Michel Fornier). Les données peuvent être obtenues sur demande auprès du Service d’observation du MIO PARAMÈTRES MESURES : Mesures quotidiennes: Matière en suspension, sels nutritifs, Matières organiques dissoutes et particulaires (C/N/P) Prélèvements bi-mensuels de matière en suspension et d’eau par centrifugation pour analyses DCE PROGRAMME DE RATTACHEMENT - SNO MOOSE – SNO Responsable local: - Patrick Raimbault DISPONIBILITÉ DES DONNÉES : - Base de données MIO - Base de données SEDOO: http://mistrals.sedoo.fr/MOOSE/ - Base de données Agence de l’eau SANDRE http://sandre.eaufrance.fr/Base-de-donnees PARTICIPANTS : - M. Fornier (Tech Univ) : maintenance équipements traitement échantillons - V. Lagadec (IE AMU) Analyses chimiques - F. Garcia (Ing. Univ.): maintenance échantillonneur - N. Garcia (IR CNRS) Analyses chimiques PARTENAIRES : Agence de l’Eau, IRSN, CEFREM, CEREGE

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    Environmental conditions are a set of physical and biological variables that define an ecosystem. Microorganisms with higher generation times than more complex multicellular organisms are more sensitive to changing environmental conditions. Therefore, microbial growth curves are an important and simple way to understand how environmental conditions affect microorganisms. Growth curves are used in a variety of biological applications. Traditionally in microbiology, the maximum growth rate (µmax) is calculated by fitting a linear model on data of the exponential growth phase. This method is simple to implement, and robust if the exponential phase contains many points. However, this method is very limiting when the curve is described with few points, as we have seen with experiments under high pressure conditions. In order to overcome this limit, recurrent in biology, we propose to use models to estimate growths parameters. Modeling has existed for many years to describe the growth behavior of microorganisms under variable physical and chemical conditions (Zwietering et al., 1990). Here we propose a ready-to-use application that do not require any special coding skills and allow retrieving several essential parameters describing microbial growth. his app aims at estimating the growth rate and maximum cells density using non-linear regression. The method is detailled in Martini et al. (2013). A demo dataset is available in "Download a demo dataset", you can save it in your computer and load it using "Browse", or you can also browse your own dataset. On Plot panel, it is possible to set axes labels, axes range and Smooth. Smooth parameter can compute theorical (downloadable) for to use with other activities. In order to run this application, you have to format your dataset with tabulation separators. Also, remove all spaces in the dataset header (prefer to use "_" when needed). Organise your dataset so that there is only two arrays. The first one being the time and the second one, the cells density (e. g. optic density, cell number, biomass). This application proposes a method to perform a logistic regression to estimate growth rate as well as maximum cells density . Citation: Garel, M., Izard, L., Vienne, M., Nerini, D., Tamburini, C., Martini, S. (2021). R-shiny-microorganisms v2 : A ready-to-use logistic regression implemented in R shiny to estimate growth parameters of microorganisms [Data set]. MIO UMR 7294 CNRS. https://doi.org/10.34930/DC1DAF1C-09E3-4829-8878-91D0BF0E643E

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    The observatory of the Réal Collobrier basins was set up in 1967 to improve the knowledge of particular hydrological phenomena in the Mediterranean area. Located in forest and rural areas on metamorphic soils of the Massif des Maures in the Var, it is a landmark of regional hydro-climatology. This laboratory is used to develop research on improving the knowledge of Mediterranean hydrology, with a monitoring of rainfall (currently 17 raingauges) and flow (7 water level recorders) on a 70 km² basin, since more than 50 years. Since 2015 the watershed has integrated the SOERE RBV and IR OZCAR. New measuring instruments have been set up (multi-parameter probes, meteorological station, water temperature, automatic sampler, etc.). Scientific objectives around the observatory include the study of flash floods, availability of water resources, study of the interaction between vegetation and the water cycle, knowledge of spatial variability of hydrometeorological processes. These interdisciplinary research axes call for hydrology, soil physics, geomorphology, hydrogeology and biochemistry contribute to the improvement of knowledge, the development of tools and methods in the field of rainfall and climatology, and also to the improvement of the understanding and the modelling of the flows. ---- L'observatoire des bassins de Réal Collobrier a été créé en 1967 pour améliorer la connaissance de phénomènes hydrologiques particuliers en Méditerranée. Situé en forêt et en milieu rural sur les sols métamorphiques du Massif des Maures dans le Var, il est un repère de l'hydro-climatologie régionale. Ce laboratoire permet de développer la recherche sur l'amélioration des connaissances en hydrologie méditerranéenne, avec un suivi des précipitations (actuellement 17 pluviomètres) et des débits (7 enregistreurs de niveau d'eau) sur un bassin de 70 km², depuis plus de 50 ans. Depuis 2015, le bassin versant a intégré le SOERE RBV et l'IR OZCAR.