L’île de Bagaud, réserve intégrale du Parc National de Port Cros (PNPC), fait actuellement l‘objet d’un programme décennal de restauration écologique en vue de la préservation de son patrimoine naturel. Cette restauration consiste à contrôler deux espèces exotiques envahissantes : le rat noir (Rattus rattus) et la griffe de sorcière (Carpobrotus sp.). Débuté en 2010, ce programme permet l’étude de plusieurs groupes taxonomiques avant (2010-2011) et après contrôle (2013-2019) : (1) la flore, (2) les arthropodes épigés et les insectes volants, (3) les squamates, (4) les oiseaux terrestres nicheurs et (5) les oiseaux marins nicheurs. Ce projet fédère une large communauté d’acteurs académiques et non-académiques autour d’un objectif commun : contrôler et si possible éradiquer les espèces invasives de la réserve intégrale et suivre la résilience des groupes taxonomiques cités ci-dessus. Partenaires pour le suivi et l’analyse des données : IMBE, PNPC, CBNMed, association Reptil’Var, association DREAM et LPO. Autres partenaires : PIM, INRA, Conservatoire du Littoral, Domaine du Rayol, Naturoscope, UE, Natura2000, TLV, Région Sud, Naturalia Consultants en Environnement.

Le projet interdisciplinaire UECOCOT vise à développer des outils d'aide à la gestion durable des activités minières afin de permettre la meilleure cohabitation possible entre dynamique naturelle des environnements (et leur capacité de résistance aux dommages et de résilience) et les activités humaines (industrielles ou non). L'objectif global du projet est de répondre à la question " comment adapter , à un coût socio-économique acceptable, les activités minières pour que leur impact reste compatible avec la durabilité des écosystèmes côtiers et littoraux". Pour atteindre un tel objectif, le projet UECOCOT repose sur une approche multi-sites ayant des impacts miniers différents. Dans le Pacifique sud, le site choisi est le lagon de Koné (Nouvelle-Calédonie) à proximité duquel s'est implanté une mine de nickel et touché par des apports de particules riches en éléments métalliques (Ni, Cr, Co, Mn) issues de l'altération des massifs miniers latéritiques développés sur des péridotites. C'est dans ce cadre qu'a eu lieu en février 2018 une campagnes océanographique multidisciplinaire dans le lagon de Koné dont l'objectif était d'acquérir des informations sur : i) les flux hydrodynamiques et biogéochimiques entre la côte, le lagon et l'océan et les connectivités au sein même du lagon, ii) l'état écologique du lagon et son fonctionnement End to End (hydro-bio-géochimique) , iii) les apports miniers directs ou indirects (avec un focus sur les métaux) et leur impact sur le fonctionnement biogéochimique. L'ensemble des résultats acquis doit permettre de valider un modèle numérique de biologie intégrant les aspects physiologiques et comportementaux des organismes (plancton et benthos) liés à la contamination du milieu et à la circulation hydrodynamique au sein du lagon. Il doit en particulier aboutir à une meilleure compréhension du rôle de la barrière récifale sur la régulation hydrodynamique et ainsi permettre d'affiner les prévisions en terme de contamination du lagon suite à une modification de la structure récifale sous l'effet conjugué de contraintes anthropiques et climatiques. Ce projet s'inscrit dans le réseau international AMEDEE (Activité Minière, Environnement, Développement Economique, Ethiques) qui regroupe les programmes de R&D de 40 institutions scientifiques (Colin, 2016)

Trimaran télécommandé Ocarina (Océan couplé à l’atmosphère : recherche instrumentée sur navire annexe). La plateforme OCARINA (Océan Couplé à l’Atmosphère, Recherche sur l’Interface sur Navire Annexe) est un drône naval de surface développé spécifiquement pour effectuer des mesures des échanges turbulents et radiatifs à l’interface océan/atmosphère. Conçue et réalisée au LATMOS en 2009, la version initiale d’OCARINA a évolué au fil des campagnes et des collaborations avec la DT-INSU, l’Ifremer, le LOCEAN, et l’IRPHE. Les instruments embarqués sont une centrale inertielle, un GPS, un anémomètre sonique, une sonde de mesure des flux radiatifs montants et descendants dans l’infrarouge et dans les longueurs d’ondes visibles, une sonde immergée de type CT, et une station météorologique. Les données de niveau 2 fournies sont : * la localisation, la vitesse, le cap pointé et la route suivie * la hauteur et la période significative des vagues plus longues que deux mètres * la température de l’eau (SST) à une profondeur de 30 cm * la salinité de surface (SSS) * les variables météorologiques (vent en module et direction, température, humidité et pression) à une mètre de haut. * les flux solaires et infrarouge montants et descendants * les flux turbulents bulk (u*, Hs et LE), et le rapport de Monin-Obukhov (z/L) * u* et Hsv (le flux turbulent de flottabilité) estimés par méthode inertio dissipative * u* et Hsv estimés par méthode des covariances DOI: https://doi.org/10.17882/59768 DOI landing page: https://www.seanoe.org/data/00486/59768/ Le laboratoire de recherche océanographique MIO fait partie de l'Institut OSU-Pythéas et est sous la direction conjointe de l'Université Aix-Marseille, de l'Université de Toulon, du CNRS et de l'IRD. Notre objectif est de mieux comprendre le système océanique et son évolution en réponse aux changements globaux. MIO constitue un centre d'expertise en biologie marine, en écologie, en biodiversité, en microbiologie, en halieutique, en physique, en chimie, en biogéochimie et en sédimentologie. Notre environnement de travail est l’océan mondial, avec ses interfaces continentales, atmosphériques et sédimentaires. The MIO Oceanography research laboratory forms part of the OSU-Pytheas Institute and is under the joint direction of Aix-Marseille University, Toulon University, the CNRS and the IRD. Our goal is to better understand the oceanic system and its evolution in response to global changes. MIO constitutes a center of expertise in marine biology, ecology, biodiversity, microbiology, halieutics, physics, chemistry, biogeochemistry and sedimentology. Our working environment is the world ocean, along with its continental, atmospheric and sediment interfaces.

Le projet CHROME « Continuous High Resolution Observation of the MEditerranean sea », a été financé par la fondation A*MIDEX, a permis d'étudier le contexte physico-chimique et biogéochimique des eaux de surface en intégrant des échelles spatio-temporelles de haute résolution (méso-échelle et hebdomadaire). Ces échelles d’observation de l’écosystème marin sont indispensables pour comprendre et intégrer au mieux le rôle des structures physiques à méso-échelle et des évènements météorologiques ponctuels tout en englobant la variabilité saisonnière classique. Pour cela, un système de mesures automatisées à haute résolution a été mis en place à bord d’un navire d’opportunité, le C/F Carthage de la Compagnie Tunisienne de Navigation (CTN), à savoir: la FerryBox et le Cytomètre en Flux de type CytoSense. Ce navire traverse la Méditerranée quatre fois par semaine, de Tunis à Marseille et de Tunis à Gênes. CHROME s'est appuyé sur un consortium international composé par l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO), l’Institut National des Technologies et des Sciences de la Mer (INSTM), le Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG), la Station Biologique de Roscoff (SBR), le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche-sur-Mer (LOV), l’Institut National de Géophysique et de Volcanologie (INGV) et l’Institut de Mathématique de Luminy (I2M). The CHROME project (Continuous High Resolution Observation of the MEditerranean sea) is financially supported by the A*MIDEX Foundation. Its objective was to study the physicochemical and biogeochemical context of the surface waters, integrating high-resolution space and time scales (mesoscale and weekly). Observing the marine environment at this scale is important to understand and integrate as well as possible the roles of mesoscale physical structures and single meteorological events (pulse events) while at the same time encompassing conventional seasonal variability. With this in mind, a high-resolution automated measuring system was set up using the Tunisian ship of opportunity C/F Carthage of the Compagnie Tunisienne de Navigation (CTN) equipped with modern and validated technological appliances, i.e. a FerryBox and a CytoSense flow cytometer. This ship crosses the Mediterranean sea four times a week between Tunis and Marseille and between Tunis and Genoa. CHROME was supported by an international consortium associating the Mediterranean Institute of Oceanography (MIO), the National Institute of Marine Sciences and Technologies (INSTM), the Oceanology and Geoscience Laboratory (LOG), the Roscoff Biological Station (SBR), the Luminy Institute of Mathematics (I2M), the Oceanology Laboratory of Villefranche-sur-Mer (LOV) and the National Institute of Geophysics and Vulcanology (INGV).

Environmental conditions are a set of physical and biological variables that define an ecosystem. Microorganisms with higher generation times than more complex multicellular organisms are more sensitive to changing environmental conditions. Therefore, microbial growth curves are an important and simple way to understand how environmental conditions affect microorganisms. Growth curves are used in a variety of biological applications. Traditionally in microbiology, the maximum growth rate (µmax) is calculated by fitting a linear model on data of the exponential growth phase. This method is simple to implement, and robust if the exponential phase contains many points. However, this method is very limiting when the curve is described with few points, as we have seen with experiments under high pressure conditions. In order to overcome this limit, recurrent in biology, we propose to use models to estimate growths parameters. Modeling has existed for many years to describe the growth behavior of microorganisms under variable physical and chemical conditions (Zwietering et al., 1990). Here we propose a ready-to-use application that do not require any special coding skills and allow retrieving several essential parameters describing microbial growth. his app aims at estimating the growth rate and maximum cells density using non-linear regression. The method is detailled in Martini et al. (2013). A demo dataset is available in "Download a demo dataset", you can save it in your computer and load it using "Browse", or you can also browse your own dataset. On Plot panel, it is possible to set axes labels, axes range and Smooth. Smooth parameter can compute theorical (downloadable) for to use with other activities. In order to run this application, you have to format your dataset with tabulation separators. Also, remove all spaces in the dataset header (prefer to use "_" when needed). Organise your dataset so that there is only two arrays. The first one being the time and the second one, the cells density (e. g. optic density, cell number, biomass). This application proposes a method to perform a logistic regression to estimate growth rate as well as maximum cells density . Citation: Garel, M., Izard, L., Vienne, M., Nerini, D., Tamburini, C., Martini, S. (2021). R-shiny-microorganisms v2 : A ready-to-use logistic regression implemented in R shiny to estimate growth parameters of microorganisms [Data set]. MIO UMR 7294 CNRS. https://doi.org/10.34930/DC1DAF1C-09E3-4829-8878-91D0BF0E643E

Données de l'analyse des peuplements phytoplanctoniques de la baie de Marseille. Dans le cadre du programme " Séries à long terme " du Service d'Observation du Centre d'Océanologie de Marseille, à partir de 1994, deux points de prélèvement. - Le premier (SOFCOM) correspond au point d'appui SOMLIT (Service d'Observation en Milieu Littoral de l'INSU), situé au large des îles du Frioul. Les prélèvements sont bimensuels, effectués en surface et dans la zone de fluorescence maximale, repérée au cours de la descente d'une bathysonde munie d'un capteur de fluorescence. Les données sont disponibles jusqu'en décembre 2004. - Le deuxième (CAPCOM) correspond aux prélèvements d'eau de surface réalisés dans l'Anse des Cuivres, au pied de la Station marine d'Endoume, entre mars 1994 et décembre 2000. Ces échantillons sont pris comme référence de la frange littorale extrême. La fréquence de prélèvements de cette série a varié de 1/3 jours à 1/8. Pour les deux séries des paramètres physico-chimiques et hydrologiques sont disponibles sur le site du Service d'Observation Informations Taxonomiques Une fiche avec des Renseignements taxonomiques est disponible pour les espèces observées en Méditerranée au cours des analyses. Elle comprend : - le nom complet, l'autorité, les synonymes connus, - dans certains cas, un dessin ou une photo. - le volume moyen calculé à partir de mesures réalisées sur les données récentes. - les caractéristiques écologiques. Des liens permettent de retrouver la liste des prélèvements dans lequels une espèce a été observée, ainsi que la bibliographie qui la concerne

The New Caledonia lagoons show high seasonal and interannual variability (related to El Niño – Southern oscillation – ENSO - variability). They present a great diversity of local situations linked to differences in their geomorphology, to the nature of terrigenous inputs and to varied anthropogenic pressure. This variability impacts the structure of planktonic communities and their biodiversity. The scientific objectives of the CLAPPP project developed on 6 New Caledonia lagoons are : - 1) to describe the local environmental conditions and their seasonality, - 2) to understand the heterogeneity of phytoplankton communities at the biological, spatial and/or temporal levels, - 3) to study the role of this diversity in the functioning of coral ecosystems and the regulation of biogeochemical cycles, and - 4) to assess the importance of phytoplankton as an index of productivity and health of the lagoons in relation with local stress conditions and the risk of HABs. DOI: - https://doi.org/10.34930/2b52defe-e5f3-4fe2-9f2f-741d90e624ea Citation: Rodier, M., & Arfi, R. (2020). CLAPPP - New Caledonian lagoons: Physics and Phytoplankton processes [Data set]. MIO UMR 7294 CNRS. https://doi.org/10.34930/2B52DEFE-E5F3-4FE2-9F2F-741D90E624EA

The observatory of the Réal Collobrier basins was set up in 1967 to improve the knowledge of particular hydrological phenomena in the Mediterranean area. Located in forest and rural areas on metamorphic soils of the Massif des Maures in the Var, it is a landmark of regional hydro-climatology. This laboratory is used to develop research on improving the knowledge of Mediterranean hydrology, with a monitoring of rainfall (currently 17 raingauges) and flow (7 water level recorders) on a 70 km² basin, since more than 50 years. Since 2015 the watershed has integrated the SOERE RBV and IR OZCAR. New measuring instruments have been set up (multi-parameter probes, meteorological station, water temperature, automatic sampler, etc.). Scientific objectives around the observatory include the study of flash floods, availability of water resources, study of the interaction between vegetation and the water cycle, knowledge of spatial variability of hydrometeorological processes. These interdisciplinary research axes call for hydrology, soil physics, geomorphology, hydrogeology and biochemistry contribute to the improvement of knowledge, the development of tools and methods in the field of rainfall and climatology, and also to the improvement of the understanding and the modelling of the flows. ---- L'observatoire des bassins de Réal Collobrier a été créé en 1967 pour améliorer la connaissance de phénomènes hydrologiques particuliers en Méditerranée. Situé en forêt et en milieu rural sur les sols métamorphiques du Massif des Maures dans le Var, il est un repère de l'hydro-climatologie régionale. Ce laboratoire permet de développer la recherche sur l'amélioration des connaissances en hydrologie méditerranéenne, avec un suivi des précipitations (actuellement 17 pluviomètres) et des débits (7 enregistreurs de niveau d'eau) sur un bassin de 70 km², depuis plus de 50 ans. Depuis 2015, le bassin versant a intégré le SOERE RBV et l'IR OZCAR.

EMSO is a European network of seabed and fixed-point water column observatories whose scientific objective is to acquire long time series in the seas around Europe for the study of environmental processes related to interactions between geosphere, biosphere and hydrosphere. MAREGAMI project (MARine Earthquake Gap Assessment and Monitoring for Istanbul) is a bilateral Turkish-French collaborative project coordinated by IFREMER and Istanbul Technical University and funded by ANR and TÜBITAK. The goal of MAREGAMI is the development of new methods and monitoring strategies to assess earthquake and tsunami risks related to offshore faults, it comprises four tasks: (1) Marine geodesy: acquisition and processing of geodetic submarine data, (2) Hydrodynamics and specific depositional processes: water column data acquisition and hydrodynamic modeling, (3) Improving earthquake relocation with ocean bottom instruments, (4) Designing an optimal and sustainable network of submarine sensors. Data distributed on this portal were acquired for Task 2. The acquisition and distribution of marine data time series in the Sea of Marmara is funded by EMSO-France Research Infrastructure, EMSO-Link, and MAREGAMI projet. DT-INSU provided operational support and instrumentation

Le site d'observation de Port-Miou est rattaché au Service National d'Observation Karst, dont l'objectif est d'assurer le suivi physico-chimique d'un ensemble de sources et d'hydrosystèmes karstiques sur le territoire français, représentatif du fonctionnement hydrogéologique de ce type d'aquifère. Les sources karstiques côtières de la baie de Cassis ont été identifiées pour le suivi des apports d'eau saumâtre en mer (lien continent-océan) et l'étude du mécanisme d'intrusion saline en aquifère hétérogène et autour de la Méditerranée. Ce sont également des points d'observation de l'impact des changements globaux sur la qualité de l'eau souterraine en zone côtière. Enfin, l'un des objectifs des sites du SNO Karst est d'améliorer les connaissances sur les aquifères carbonatés pour aider à la gestion durable des ressources en eau. La source sous-marine de Port-Miou présente la particularité d'être accessible dans les terres, sur un site constituant un véritable laboratoire souterrain avec un barrage obturant la galerie karstique. Le suivi physico-chimique et biologique est ainsi facilité. PARAMETRES MESURES –DONNEES ACQUISES: - Mesures en continu au pas de temps de 15 minutes : Température eau, Conductivité électrique, Pression, Fluorescence sur 3 gammes de longueurs d'ondes - Mesures ponctuelles : Chimie des ions majeurs, isotopes de l'eau, radon - Mesures en mer dans la calanque de Port-Miou : campagnes de mesure de salinité, radon en surface PROGRAMME DE RATTACHEMENT – Labellisation - Financement - Label SNO Karst (INSU) depuis 2012 - Convention d'accès avec le Conservatoire du Littoral - Projet KarstEAU (2007-2012) : Financement Agence de l'Eau, Conseil Général 13, Région PACA - Projet Région SOURCES (2013-2014) - APIC 2013 (Appel à Projet Interne du CEREGE) - Responsable :. B. ARFIB (arfib@cerege.fr) - Partenaires : Conservatoire du Littoral, Agence de l'Eau, Ville de Cassis, Fondation Camargo, Conseil Général 13, Région PACA - Equipes Pytheas = CEREGE - Responsable :. B. ARFIB (arfib@cerege.fr) - Partenaires : Agence de l'Eau, Ville de Toulon, Conseil Général 83, Région PACA PARTENAIRES - Agence de l'Eau - INSU (Service National d'Observation) - Conservatoire du Littoral (convention d'accès au site du barrage souterrain de Port-Miou pour études scientifiques, renouvelable tous les 5 ans) - Ville de Cassis