Le projet interdisciplinaire UECOCOT vise à développer des outils d'aide à la gestion durable des activités minières afin de permettre la meilleure cohabitation possible entre dynamique naturelle des environnements (et leur capacité de résistance aux dommages et de résilience) et les activités humaines (industrielles ou non). L'objectif global du projet est de répondre à la question " comment adapter , à un coût socio-économique acceptable, les activités minières pour que leur impact reste compatible avec la durabilité des écosystèmes côtiers et littoraux". Pour atteindre un tel objectif, le projet UECOCOT repose sur une approche multi-sites ayant des impacts miniers différents. Dans le Pacifique sud, le site choisi est le lagon de Koné (Nouvelle-Calédonie) à proximité duquel s'est implanté une mine de nickel et touché par des apports de particules riches en éléments métalliques (Ni, Cr, Co, Mn) issues de l'altération des massifs miniers latéritiques développés sur des péridotites. C'est dans ce cadre qu'a eu lieu en février 2018 une campagnes océanographique multidisciplinaire dans le lagon de Koné dont l'objectif était d'acquérir des informations sur : i) les flux hydrodynamiques et biogéochimiques entre la côte, le lagon et l'océan et les connectivités au sein même du lagon, ii) l'état écologique du lagon et son fonctionnement End to End (hydro-bio-géochimique) , iii) les apports miniers directs ou indirects (avec un focus sur les métaux) et leur impact sur le fonctionnement biogéochimique. L'ensemble des résultats acquis doit permettre de valider un modèle numérique de biologie intégrant les aspects physiologiques et comportementaux des organismes (plancton et benthos) liés à la contamination du milieu et à la circulation hydrodynamique au sein du lagon. Il doit en particulier aboutir à une meilleure compréhension du rôle de la barrière récifale sur la régulation hydrodynamique et ainsi permettre d'affiner les prévisions en terme de contamination du lagon suite à une modification de la structure récifale sous l'effet conjugué de contraintes anthropiques et climatiques. Ce projet s'inscrit dans le réseau international AMEDEE (Activité Minière, Environnement, Développement Economique, Ethiques) qui regroupe les programmes de R&D de 40 institutions scientifiques (Colin, 2016)

L’île de Bagaud, réserve intégrale du Parc National de Port Cros (PNPC), fait actuellement l‘objet d’un programme décennal de restauration écologique en vue de la préservation de son patrimoine naturel. Cette restauration consiste à contrôler deux espèces exotiques envahissantes : le rat noir (Rattus rattus) et la griffe de sorcière (Carpobrotus sp.). Débuté en 2010, ce programme permet l’étude de plusieurs groupes taxonomiques avant (2010-2011) et après contrôle (2013-2019) : (1) la flore, (2) les arthropodes épigés et les insectes volants, (3) les squamates, (4) les oiseaux terrestres nicheurs et (5) les oiseaux marins nicheurs. Ce projet fédère une large communauté d’acteurs académiques et non-académiques autour d’un objectif commun : contrôler et si possible éradiquer les espèces invasives de la réserve intégrale et suivre la résilience des groupes taxonomiques cités ci-dessus. Partenaires pour le suivi et l’analyse des données : IMBE, PNPC, CBNMed, association Reptil’Var, association DREAM et LPO. Autres partenaires : PIM, INRA, Conservatoire du Littoral, Domaine du Rayol, Naturoscope, UE, Natura2000, TLV, Région Sud, Naturalia Consultants en Environnement.

Trimaran télécommandé Ocarina (Océan couplé à l’atmosphère : recherche instrumentée sur navire annexe). La plateforme OCARINA (Océan Couplé à l’Atmosphère, Recherche sur l’Interface sur Navire Annexe) est un drône naval de surface développé spécifiquement pour effectuer des mesures des échanges turbulents et radiatifs à l’interface océan/atmosphère. Conçue et réalisée au LATMOS en 2009, la version initiale d’OCARINA a évolué au fil des campagnes et des collaborations avec la DT-INSU, l’Ifremer, le LOCEAN, et l’IRPHE. Les instruments embarqués sont une centrale inertielle, un GPS, un anémomètre sonique, une sonde de mesure des flux radiatifs montants et descendants dans l’infrarouge et dans les longueurs d’ondes visibles, une sonde immergée de type CT, et une station météorologique. Les données de niveau 2 fournies sont : * la localisation, la vitesse, le cap pointé et la route suivie * la hauteur et la période significative des vagues plus longues que deux mètres * la température de l’eau (SST) à une profondeur de 30 cm * la salinité de surface (SSS) * les variables météorologiques (vent en module et direction, température, humidité et pression) à une mètre de haut. * les flux solaires et infrarouge montants et descendants * les flux turbulents bulk (u*, Hs et LE), et le rapport de Monin-Obukhov (z/L) * u* et Hsv (le flux turbulent de flottabilité) estimés par méthode inertio dissipative * u* et Hsv estimés par méthode des covariances DOI: https://doi.org/10.17882/59768 DOI landing page: https://www.seanoe.org/data/00486/59768/ Le laboratoire de recherche océanographique MIO fait partie de l'Institut OSU-Pythéas et est sous la direction conjointe de l'Université Aix-Marseille, de l'Université de Toulon, du CNRS et de l'IRD. Notre objectif est de mieux comprendre le système océanique et son évolution en réponse aux changements globaux. MIO constitue un centre d'expertise en biologie marine, en écologie, en biodiversité, en microbiologie, en halieutique, en physique, en chimie, en biogéochimie et en sédimentologie. Notre environnement de travail est l’océan mondial, avec ses interfaces continentales, atmosphériques et sédimentaires. The MIO Oceanography research laboratory forms part of the OSU-Pytheas Institute and is under the joint direction of Aix-Marseille University, Toulon University, the CNRS and the IRD. Our goal is to better understand the oceanic system and its evolution in response to global changes. MIO constitutes a center of expertise in marine biology, ecology, biodiversity, microbiology, halieutics, physics, chemistry, biogeochemistry and sedimentology. Our working environment is the world ocean, along with its continental, atmospheric and sediment interfaces.

The observatory of the Réal Collobrier basins was set up in 1967 to improve the knowledge of particular hydrological phenomena in the Mediterranean area. Located in forest and rural areas on metamorphic soils of the Massif des Maures in the Var, it is a landmark of regional hydro-climatology. This laboratory is used to develop research on improving the knowledge of Mediterranean hydrology, with a monitoring of rainfall (currently 17 raingauges) and flow (7 water level recorders) on a 70 km² basin, since more than 50 years. Since 2015 the watershed has integrated the SOERE RBV and IR OZCAR. New measuring instruments have been set up (multi-parameter probes, meteorological station, water temperature, automatic sampler, etc.). Scientific objectives around the observatory include the study of flash floods, availability of water resources, study of the interaction between vegetation and the water cycle, knowledge of spatial variability of hydrometeorological processes. These interdisciplinary research axes call for hydrology, soil physics, geomorphology, hydrogeology and biochemistry contribute to the improvement of knowledge, the development of tools and methods in the field of rainfall and climatology, and also to the improvement of the understanding and the modelling of the flows. ---- L'observatoire des bassins de Réal Collobrier a été créé en 1967 pour améliorer la connaissance de phénomènes hydrologiques particuliers en Méditerranée. Situé en forêt et en milieu rural sur les sols métamorphiques du Massif des Maures dans le Var, il est un repère de l'hydro-climatologie régionale. Ce laboratoire permet de développer la recherche sur l'amélioration des connaissances en hydrologie méditerranéenne, avec un suivi des précipitations (actuellement 17 pluviomètres) et des débits (7 enregistreurs de niveau d'eau) sur un bassin de 70 km², depuis plus de 50 ans. Depuis 2015, le bassin versant a intégré le SOERE RBV et l'IR OZCAR.

Suivis de la dérive du panache rhodanien vers la région Marseillaise SITE : Embouchure du Rhône – Zone littorale – baie de Marseille PROGRAMME DE RATTACHEMENT : - SNO Coast-HF – SNO MOOSE Responsable local: - Fabrice Garcia ÉQUIPEMENTS : Capteur température, salinité pression STPS NKE instrumentations PARAMÈTRES MESURES : Mesures haute fréquence en surface : température, salinité, nitrate: DISPONIBILITÉ DES DONNÉES : Base de données locales MIO PARTICIPANTS : P. Raimbault (DR MIO) D. Guillemain (Ing. CNRS): plongée L. Vanbostal (tech CNRS) plongée PARTENAIRES : Service des PHARES ET BALISES – Agence de l’Eau

L'Observatoire européen multidisciplinaire des fonds marins et des colonnes d'eau baptisé (EMSO) (European Multidisciplinary Seafloor and water column Observatory) est une infrastructure de recherche répartie à l'échelle européenne des observatoires des fonds marins et des colonnes d'eau. Il vise à explorer davantage les océans, à mieux comprendre les phénomènes qui se produisent au fond de la mer, et à élucider le rôle critique que ces phénomènes jouent dans les systèmes terrestres globaux. Cet observatoire repose sur des sites (ou nœuds) d’observation qui ont été déployés dans des endroits stratégiques des mers européennes, de l'Arctique à l'Atlantique, de la Méditerranée à la mer Noire. Il y a actuellement onze nœuds en eau profonde plus quatre nœuds d'essai en eau peu profonde. EMSO Ligure Ouest est l’un de ces observatoires sous-marin permanent situé en mer Ligurienne et est déployé au large de Toulon, en France. Cette région été choisi pour ses intérêts scientifiques particulières tels que : sismicité, topographie, turbidité, biodiversité, dynamique des masses d'eau et flux de matières organiques. Ce réseau d’observation sous-marine fait aussi partie de KM3NeT (https://www.km3net.org/) qui a une topologie modulaire conçue pour connecter jusqu'à 120 unités de détection de neutrinos. L'instrumentation Earth and Sea Science (ESS) connectée à KM3NeT repose sur deux composants complémentaires: un module d'interface instrumenté (MII) et une ligne instrumentée autonome (ALBATROSS). La ligne ALBATROSS est une ligne inductive (2000 m) composée d'un système de communication acoustique, de deux câbles inductifs équipés de capteurs CTD-O2, de courantomètres et de deux bouées instrumentées. Cette ligne est déployée à une distance de 2-3 kilomètres du MII, et la communication à terre est faite par un lien acoustique avec le MII, et câble électro-optique via le nœud KM3NeT. Data 2016 - DOI: https://doi.org/10.17882/47129 Data Albatross inductive line from 2019 to 2020-11 - DOI: https://doi.org/10.17882/74513 Data Albatross inductive line from 2021 - DOI: https://doi.org/10.17882/83244

L’Observatoire du milieu porté par le GIPREB (Groupement d’Intérêt Publique pour la Réhabilitation de l’Etang de Berre) a pour vocation de suivre depuis 1994 l’évolution hydrologique et biologique de l’étang de Berre (France, Méditerranée). Le suivi du benthos dans l’étang de Berre se fait depuis 2005. Il est réalisé par le GIPREB dans sa totalité. Il y a deux échelles temporelles et spatiales distinctes de suivi : 1) Les station centrales : prélèvement mensuel en 3 stations de l’étang de Berre ============================================================= *Date de début de la série : 2005 *Fréquence : Prélèvement mensuel *Coordonnés des points de stations centrales (WGS84): sur le lien WMS ci dessous *Protocole : Engin : Benne Orange peel de 1/12 m². Prélèvements tamisés à 1mm et refus de tamis et analysé pour identifier les espéces présentes Méthode : Triplicata par station et comptage/détermination des espèces présentes *Paramètres : Richesse Spécifique Densité d’individus (nombre par m²) 2) Les station côtières : prélèvement bi annuel en 10 stations de l’étang de Berre ============================================================= Date de début de la série : 2005 *Fréquence : Prélèvement Bi annuel (Aout ou septembre et décembre ou février) *Coordonnés des points de stations côtières (WGS84): sur le lien WMS ci dessous * Profondeur : 4 m *Protocole : Engin : ¼ d’une benne Benne Orange peel de 1/12 m² Méthode : Triplicata par station et comptage/détermination des espèces présentes *Paramètres : Richesse Spécifique Densité d’individus (nombre par m²) Sont disponibles deux types de fichiers : - Deux fichiers compilés l'un avec les stations centrales l'autre avec les stations côtières contenant les données de richesses spécifiques et Densité d'individus avec la nomenclature : BDD_BENTHOS_BERRE_COMPIL_ - Les fichiers brut pour chaque année avec les tableaux de comptage des espèces pour les stations côtières et centrales Citation D.O.I Raimbault, P., Mayot, N., & de Lary, H. (2021). BERRE - Donnees Especes Benthiques de l’étang de Berre 1994-2021 [Data set]. MIO UMR 7294 CNRS. https://doi.org/10.34930/73258458-AA22-4937-A00D-C28E2DD0B0B5

EMSO is a European network of seabed and fixed-point water column observatories whose scientific objective is to acquire long time series in the seas around Europe for the study of environmental processes related to interactions between geosphere, biosphere and hydrosphere. MAREGAMI project (MARine Earthquake Gap Assessment and Monitoring for Istanbul) is a bilateral Turkish-French collaborative project coordinated by IFREMER and Istanbul Technical University and funded by ANR and TÜBITAK. The goal of MAREGAMI is the development of new methods and monitoring strategies to assess earthquake and tsunami risks related to offshore faults, it comprises four tasks: (1) Marine geodesy: acquisition and processing of geodetic submarine data, (2) Hydrodynamics and specific depositional processes: water column data acquisition and hydrodynamic modeling, (3) Improving earthquake relocation with ocean bottom instruments, (4) Designing an optimal and sustainable network of submarine sensors. Data distributed on this portal were acquired for Task 2. The acquisition and distribution of marine data time series in the Sea of Marmara is funded by EMSO-France Research Infrastructure, EMSO-Link, and MAREGAMI projet. DT-INSU provided operational support and instrumentation

Environmental conditions are a set of physical and biological variables that define an ecosystem. Microorganisms with higher generation times than more complex multicellular organisms are more sensitive to changing environmental conditions. Therefore, microbial growth curves are an important and simple way to understand how environmental conditions affect microorganisms. Growth curves are used in a variety of biological applications. Traditionally in microbiology, the maximum growth rate (µmax) is calculated by fitting a linear model on data of the exponential growth phase. This method is simple to implement, and robust if the exponential phase contains many points. However, this method is very limiting when the curve is described with few points, as we have seen with experiments under high pressure conditions. In order to overcome this limit, recurrent in biology, we propose to use models to estimate growths parameters. Modeling has existed for many years to describe the growth behavior of microorganisms under variable physical and chemical conditions (Zwietering et al., 1990). Here we propose a ready-to-use application that do not require any special coding skills and allow retrieving several essential parameters describing microbial growth. his app aims at estimating the growth rate and maximum cells density using non-linear regression. The method is detailled in Martini et al. (2013). A demo dataset is available in "Download a demo dataset", you can save it in your computer and load it using "Browse", or you can also browse your own dataset. On Plot panel, it is possible to set axes labels, axes range and Smooth. Smooth parameter can compute theorical (downloadable) for to use with other activities. In order to run this application, you have to format your dataset with tabulation separators. Also, remove all spaces in the dataset header (prefer to use "_" when needed). Organise your dataset so that there is only two arrays. The first one being the time and the second one, the cells density (e. g. optic density, cell number, biomass). This application proposes a method to perform a logistic regression to estimate growth rate as well as maximum cells density . Citation: Garel, M., Izard, L., Vienne, M., Nerini, D., Tamburini, C., Martini, S. (2021). R-shiny-microorganisms v2 : A ready-to-use logistic regression implemented in R shiny to estimate growth parameters of microorganisms [Data set]. MIO UMR 7294 CNRS. https://doi.org/10.34930/DC1DAF1C-09E3-4829-8878-91D0BF0E643E

Le suivi des apports du Rhône Face aux intérêts récents portant sur la quantification des apports à la mer par les différents fleuves méditerranéens et pour répondre aux exigences européennes de la Directive Cadre sur l’Eau, un suivi à haute fréquence des apports rhodaniens a été mis en place en collaboration avec l’IRSN et en partenariat avec l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée et Corse (AERMC). Le point d’appui de cette opération est la station de prélèvement automatique d’Arles. Cette station comporte un système de pompage installé sur le quai et un local où sont installés les préleveurs automatiques Depuis mars 2005, la quantification de la charge particulaire et des concentrations des principaux éléments biogènes est assurée au rythme d’un échantillon par jour en routine et 6 par jour en période de crue. Grâce aux facilités offertes par cette station automatique, des prélèvements supplémentaires peuvent être assurés par le service d’observation du MIO (contacts : Patrick Raimbault - Michel Fornier). Les données peuvent être obtenues sur demande auprès du Service d’observation du MIO PARAMÈTRES MESURES : Mesures quotidiennes: Matière en suspension, sels nutritifs, Matières organiques dissoutes et particulaires (C/N/P) Prélèvements bi-mensuels de matière en suspension et d’eau par centrifugation pour analyses DCE PROGRAMME DE RATTACHEMENT - SNO MOOSE – SNO Responsable local: - Patrick Raimbault DISPONIBILITÉ DES DONNÉES : - Base de données MIO - Base de données SEDOO: http://mistrals.sedoo.fr/MOOSE/ - Base de données Agence de l’eau SANDRE http://sandre.eaufrance.fr/Base-de-donnees PARTICIPANTS : - M. Fornier (Tech Univ) : maintenance équipements traitement échantillons - V. Lagadec (IE AMU) Analyses chimiques - F. Garcia (Ing. Univ.): maintenance échantillonneur - N. Garcia (IR CNRS) Analyses chimiques PARTENAIRES : Agence de l’Eau, IRSN, CEFREM, CEREGE